1928年中央研究院成立，首任院長蔡元培先生大力倡導國內民族學研究，遂於社會科學研究所內成立民族學組。1934年民族學組改隸屬歷史語言研究所。本院遷臺後，為了對當時為數約二十萬的臺灣南島民族以及在人數上佔優勢的漢民族社會與文化進行研究，遂於1955年8月1日成立民族學研究所籌備處，並於1965年4月間正式設所，創所所長為凌純聲先生。
民族學研究所自籌備階段開始，即以中國民族文化史的研究，臺灣土著民族社會文化的研究，臺灣漢人社會及民俗的研究，及東南亞華人社會的研究為長期研究重點。目前本所是國內外學術界公認為臺灣人類學研究的重鎮。對於國內人類學界而言，本所在研究議題開拓、學術人才培育與教學機構設置方面，扮演領導與樞紐的角色；對國際人類學界而言，本所也被視為臺灣南島民族研究和漢人社會研究的重鎮。本所研究人員的研究專業與學術聲望，以及本所的資源設備，長年以來成為國際學者訪問研究首選的接待機構，也是各種合作計畫、學術研討會與知識交流激盪的基地。